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Mass++について

Mass++ は 2006 年から 2014 年まで国の助成を得て開発が進められてきた質量分析ソフトウェアです。 2015年 3 月にソースコードが公開され、同年6月に発足した Mass++ ユーザ会 により開発・保守がなされています。

Mass++ は、データの読込・表示や解析処理を開発するための基盤となるコアライブラリと、 個々のデータ処理機能を担うプラグインで構成されています。 プラグインの開発は容易で、新たな質量分析アプリケーションやデータ解析アルゴリズムの 開発・評価を手軽に進めることを可能とします。

機能概要

ソフトウエア構成

インストール方法

1. OSDN のダウンロードサイトから Mass++ インストーラーをダウンロードして、インストールしてください。
2. X!Tandem (MSPTM-DB 拡張)および Glycan Analysis プラグインを利用される方は、MassppProteomeDatabase1_4_0.exe を島津製作所の Mass++ (V2.7.4) のダウンロードサイトよりダウンロードして、インストールしてください。

ビルド方法

ソース取得

• ソースをビルドしたい: c:\dev にリポジトリから取り寄せたソースを展開します。 hg clone http://hg.osdn.jp/view/mspp/MassPlusPlus
• ソースを読みたい: ソース・スナップショットをソースパッケージから取り寄せてください。(このスナップショットはビルドに必要なリソースが含まれていませんが、その分、サイズが小さいため、お使いの Mass++ と同じバージョンのソースを取り寄せて、エラーメッセージを確認するといった用途に便利です。)

ビルド

1. 依存ライブラリ(後述)をビルドし、c:\dev\MassPlusPlus\build\msvs\contrib 以下に置きます(詳細を別途依存ライブラリに記載予定です。)
2. VisualStudio コマンドプロンプトを開き　c:\dev\MassPlusPlus\build\msvs\solutions にカレントディレクトリを移します。
3. build.bat を起動し、すべてのソースをビルドします。(build コマンド実行例: build Release x86 )

依存ライブラリ

開発メモ

ver4開発

About Mass++

Mass++ is MS data analysis software funded by CREST (Core Research for Evolutional Science and Technology, Japan) and FIRST (Funding Program for World-Leading Innovative R&D on Science and Technology, Japan) since 2006 to 2013. Now, almost sources of Mass++ is distributed under open-source license(3-clause BSD license). This open-source edition of Mass++ is developed and maintained by Mass++ Users Group, Japan.

Mass++ is plug-in based software which comprises core-libraries to provide basic functionaltiies for MS data IO, visualization and analysis, and plug-ins for each data processings. It is easy to add novel fucntionalities into Mass++ as plug-ins.

Overview

Feature

Feature

Installation

1. Download Mass++ installer for Windows from here, and install it.
2. To use X!Tandem (including MSPTM-DB extension) or Glycan Analysis plug-in, download database installer, MassppProteomeDatabase1_4_0.exe, from Mass++ (V2.7.4) download site at Shimadzu Corp., Japan, and install it.

Building Software

Getting full sources

• To build executable or plug-ins: expand sources retrieved from source repository (hg clone http://hg.osdn.jp/view/mspp/MassPlusPlus) to "c:\dev".
• Just to read sources: obtain source snapshot from source package. (This concise source snapshot doesn't contain resources needed to build binary executable. The snapshot is useful to search error message from sources with same version as binary executable you are using.)

Building Executable and Plug-ins

1. build DependentLibraries and copy build libraries to c:\dev\MassPlusPlus\build\msvs\contrib (detail will be described soon).
2. open VisualStudio command prompt, then move current directory to "c:\dev\MassPlusPlus\build\msvs\solutions".
3. invoke build.bat, then all sources will be buld. (if you want to build 32bit Release executable, execute "build Release x86". )

DependentLibraries

Citation

1. Mass++: S. Tanaka et. al., Mass++: A Visualization and Analysis Tool for Mass Spectrometry, J. Proteome. Res., 2014, 13 (8), pp 3846–3853
2. AB3D Plug-in: K. Aoshima, et. al., A simple peak detection and label-free quantitation algorithm for chromatography-mass spectrometry, BMC Bioinformatics. 2014; 15(1): 376.
3. Glycan Analysis Plug-in: K. Morimoto, et. al., GlycanAnalysis Plug-in: a database search tool for N-glycan structures using mass spectrometry, Bioinformatics. 2015 Feb 23. pii: btv110

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Sample Data: (small dataset just for test)	2015-05-20 07:35
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spectral library	2015-10-14 20:56
Dear Mass++ Team, Is it possible to Import spectral libraries for analysis of DIA experiments?	(None)
Modification compounds wasn't imported from Mascot Server	2015-08-05 15:09
Modification compounds of Mascot Server wasn't imported to Mascot search configuration dialog. It's degradation f...	(None)
lack of charge state of precursor ions in exported mzML/mzXML	2015-06-04 17:56
Charge state of precursor ion is important information for various MS data analsysis, and indeed Mass++ uses charge...	(None)
obtain precursor mass from mzML	2015-04-01 13:16
There is a software which export mzML with MS level as 2 which has isolationWindow and activation element and lacks s...	(None)

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