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VMD Plugin

VMD を Watermelon の GUI フロントエンドにする方法です。 現状 Linux でしかテストしてません。Windows とかでどうなるかは 試してません。そのままで動く可能性は低いかなぁ。

下準備

なにはともあれ Watermelon のセッティングができていないと はじまりません。

haXe, Sandy, XPath for haXe をインストールして使えるように してください。

.vmdrc とか .bashrc とか

標準の Tk コンソールから呼び出すことも可能ですが、だるいので メニューに登録することを推奨します。これなら一度やれば 次以降何も考えなくていいので。

まず、ホームディレクトリに .vmdrc が無い場合は VMD のインストール ディレクトリ(テキトーにインストールすると /usr/local/lib/vmd )にある .vmdrc を ~/.vmdrc にコピーします。

このファイルに末尾に以下の設定を足します。 /home/tamanegi/ とかバージョン名の部分は自分の環境に合わせて適宜変更してください。

set auto_path [linsert $auto_path 0 {/home/tamanegi/Watermelon-26-09-2011/builder/tcl}]
vmd_install_extension wmvmd wmvmd_tk "Visualization/Watermelon Builder"

ついでに .bashrc でいくつか環境変数も足します (これは必須ではないです; あと自分の環境に合わせて適宜読み替えてね)

export WATERMELON="/home/tamanegi/Watermelon-26-09-2011"
export WMPLAYER="/home/tamanegi/flashplayerdebugger"

WATERMELON は Watermelon のインストールディレクトリを、 WMPLAYER は flash のプレーヤーを指定します。 ここで指定した flashplayerdebugger は Adobe の Projector Content Debugger で、 無料で利用できるデバッグ用のスタンドアローンな flash player です。

VMD での操作

以上の設定ができたらふつーに vmd を起動します。 VMD Main のウインドウで Extensions タブから Visualization にカーソルを 合わせると、Watermelon Builder ってのがでてくるはずです。できてなかったら .vmdrc の設定を見直してください。VMD Main のウインドウがなかったら menu main on とかやってみてください。

何はともあれうまくいったとして、Watermelon Builder を呼び出します。 多分下のようなものが表示されると思います。

環境変数 WATERMELON, WMPLAYER を設定していると、Watermelon Directory とか Display SWF とかのフィールドに反映されます。

実際にコレを使って何かをする場合、とりあえず構造データを読み込んで表示 させます。例えば、こんな表示をしたとします。

この時、Representation はこんな感じです。

この状況で Watermelon Builder の画面、最下段左の "Generate XML" をクリックします。 すると、テキストフィールドがこんな感じに書き込まれます。データをちょっと修正した 場合はここで修正可能です。でも編集のための補助機能は一切存在しません。

後は "Generate SWF" をクリックして少し待つと swf が生成されます。 WMPLAYER を設定し、チェックボックスにチェックを入れていればムービーが 表示されます。基本的な使い方はこんな感じです。

表示が気に入らなかったら(デフォだとほぼ 100 % 間違いなくひどいものがでます)手動で XML のパラメータ(radius とか color とか)をちょっといじって Generate SWF をやり直すしかないです。今のところ。

注意とか

• Graphics の Representations で作ったものを変換する形です。現状は inactive にしても勝手に見るかも。
• Lines, Bonds, Licorice, VDW, CPK, Tube, Ribbons, NewRibbons, Cartoon, NewCartoon を変換します。他は無視。
• Lines で全表示にしてるときに "Generate XML" をクリックするのはやめたほうが吉です。特にでかい系では。
• VMD での色とかα値の設定は現状引き継がれません。てかどうやったら引き継げるのかがわからん。
• 変換は実際には builder/pdb2ribbon や builder/pdb2xml 以下のスクリプトで実行されます。デフォルト値を変えたい場合は今のところこれらのスクリプトをいじる必要があります。
• 最終的な出力ファイルは Output XML Filename の拡張子を .swf にしたものです。(デフォルトなら現在のディレクトリ直下の watermelon.swf)
• いくつか中間ファイルが勝手に生成されます。害はないです。ファイル名がかぶるとか不幸な偶然がなければ。

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