SHEAP

Similarity/Homolog Enhanced Analyze Procedure

SHEAPは『sachicaをベースにした高速なゲノム相同性検索ツール』とそれらツールを組み合わせて得られるシステム、及びそのＧＵＩ全体を指す呼び名です。

sachicaは、「Scalable Algorithm for Characteristic and Homologinus Interval CAlculation」から命名しました。

sachicaは、現在、Cygwin/gcc上で動作を確認しています。

SHEAPの開発はまだ始まったばかりです。

GUIの開発ツールとしては、Javaを検討しています。

sachicaのWindows Nativeバージョン…Cygwinを必要としないバージョンがコンパイル・ラン可能になりました。

Visual C++の入っている環境で、

nmake /f makefile.vc

を実行して下さい。

GUIについて

汎用化構想：

1. 基本的には、ユーザーがGUIによって項目を指定し、指定された条件にしたがい、指定された実行形式を実行する。また、途中経過を表示する。
2. 画面上には、プログラムのタイトル、途中経過を示す部分、パラメータやオプションを指定するボタンから成る。
3. ボタンの種類は以下の通り
   • 複数の項目から１つを選ぶもの
   • チェックボックスになっているもの
   • ファイルを指定するもの
   • 文字列を入力するもの
4. ボタンの機能と、オプションの渡し方は、設定ファイルに書くようにする。（つまり、設定ファイルを読み込んで画面のフォーマットなどを決める、あるいは設定ファイルを使ってコンパイルする、でもいい）
5. 設定ファイルは、各行が各ボタンに対応。
   • ボタンのタイトル
   • ボタンの種類
   • パラメータの渡し方（１：k番目のパラメータに文字“x”を含める、２：k番目にファイル名を指定する、３：「k番目に “–w”、その次にファイル名・文字列」を挿入する、といったような感じ、-w のようなスイッチの後に続くパラメータの個数は1個以上 ）。ボタンの順番どおりに操作をすると、パラメータ列ができるようにする（最初k番目であったものが、最終的にはk+3番目、とかになってもよい）
   • 選ぶ場合、選ぶもののリスト
6. 実行のボタンを押すと、プログラムにパラメータを渡して実行。場合によっては、他のプログラム（画像ビューワ）などが続いて立ち上がるようにできるといいかも。実行する命令の列が指定できるようにしておくと、将来的にバッチファイルに頼らなくてよくなるのでうれしい。
7. 各ボタンにマウスカーソルを合わせると、ポップアップヘルプが出るとうれしいかなあ。
8. メニューには、ヘルプとバージョン情報、終了があれば十分。
9. オンラインで簡単に動かせるとありがたい。

• バッチファイル１つに対して実行形式1つ、というのが今のところの構想

おまけ：羊が走るアニメGIF

インストーラについて

1. 実行形式のファイルをダブルクリックすると、指定されたディレクトリにファイルをコピーし、「プログラムメニュー」にショートカットを作成する
2. アンインストール機能を備えること（プログラムメニューからショートカットで実行）。実際にやることは、ファイルとディレクトリとメニューのショートカットを消去すること。
3. コピーするファイルは実行形式に含まれていることが望ましい
4. インストールの際には、ファイルをコピーするディレクトリが選べるようする。デフォルトは Program files の中、あるいは、インストールしてあるcygwinのディレクトリ。後者の場合、パスの通っているディレクトリにショートカットを作ること。
5. 将来的に、他のプログラムのインストーラーに、簡単に転用できること。デフォルトのコピー先、インストールの際に表示するメッセージ、コピーするファイルの３つを簡単に変更できること。（変更の仕方のドキュメントがあるとうれしい）

• とりあえず、Windows版から。