Nagano
nagano_imcj****@syd*****
2005年 6月 29日 (水) 17:09:14 JST
二階堂さん 長野です 失礼致しました。手違いで未記入のメールを送付してしまいました。 > HMMERは入っていますが、ほかのものはインストールされていません。 > 必要とするものがあれば、検討します。 > > 一般的に、「こんなことにKNOBを使いたい、だから、これが必 > 要」という 要求だと採用されやすいです。 わかりました。最低限以下の物をKNOBに組み込んで使用できる環境を構築したいと考えています。 ◆作業流れと解析モジュール SNPの同定→遺伝統計解析→SNPが存在する特定領域の配列・構造特性の抽出→進化系統解析（人種間の比較含む） ◆モジュール毎の必要ソフト SNP同定； PolyPhred, phred/phrap/consed 遺伝統計解析； ARLEQUIN 遺伝子コード領域予測； Genescan 、Wise2 転写因子結合領域抽出； transfac モチーフ配列検出； MEME/MAST 系統樹作成； PHYLIP(orPHYLIPNEW)、TreeView > このへんのことは JAMBO か EMBOSS のメーリングリストで > 聞いてください。 了解致しました。ただEMBASSYに関する記載（過去ログ）が余り見つけられなかったのが現状でこちらに御連絡させて頂いた経緯もあります。 お手数をお掛け致しました。ご助言有難う御座いました。 --------------------------------- 〒162-8655 東京都新宿区戸山1-21-1 国立国際医療センター研究所 遺伝子診断治療開発研究部 長野 忍 03-3202-7181(内線；2830) nagano_imcj****@syd***** --------------------------------- ----- Original Message ----- From: "Itoshi NIKAIDO" <itosh****@nifty*****> To: "Knobユーザの情報交換のためのメーリングj%9%H" <knob-****@lists*****> Sent: Tuesday, June 28, 2005 9:23 PM Subject: [Knob-friends 27] Re: EMBASSYに関して > にかいどうです。 > > HMMERは入っていますが、ほかのものはインストールされていません。 > 必要とするものがあれば、検討します。 > > 一般的に、「こんなことにKNOBを使いたい、だから、これが必 > 要」という > 要求だと採用されやすいです。 > > ちなみに、、、 > > EMBOSSYはEMBOSS以外の第三者が作ったプログラムを集めたもの > です。 > よって、EMBOSSに含める理由はありません。個別にインストール > してください > ということです。 > > ただ、EMBOSSのいくつかのプログラムがこれらの第三者のプログ > ラムを > 必要とするので、ライセンスに問題のないものは再配布しているという > ことです。 > > このへんのことは JAMBO か EMBOSS のメーリングリストで > 聞いてください。 > > On 2005/06/28, at 15:53, Nagano wrote: > >> KNOBには、EMBOSSがインストールされていますが、 >> EMBOSSのパッケージに収録されていないソフトで「EMBASSY」 >> と言う項目があり、これに含まれるソフトはKNOBにはインス >> トールされて居ないようですが、今後載せられる予定はありますで >> しょうか。。 >> >> また「EMBASSY」はどういう位置づけでEMBOSSに一体 >> 化していないのでしょうか。Webで見る限りでは、ライセンス >> や開発者の意向でEMBOSSと別にした、と言う事の様ですが。 >> >> EMBASSYに分類されている、PHYLIP, PHYLIPNEW, DOMAINATRIX, >> DOMALIGN, >> DOMSEARCH, HMMER etc は、必要なら個別にインストールせよと言う >> 事でしょうか。それならばEMBASSYとして態々分類して表示す >> る必要性が不明なのですが何故でしょうか。それともEMBOSSの >> ライブラリや外部DBとの連携も出来る様なインストールを >> （EMBOSS同様のConfigureで）すればEMBOSSと一 >> 体化した仕様に自分でカスタマイズできる事を示しているのでしょう >> か。 >> >> Jambo-UsersやEMBOSSのメーリングリストに投げるべき質問 >> かも知れませんが、宜しくコメント頂けましたら幸いです。 > > > > _______________________________________________ > Knob-friends mailing list > Knob-****@lists***** > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/knob-friends
