doratex まだ水平位置についてしか調べていませんが，次のソースを走らせてみました：
\mag 0500
\ifdefined\pdfoutput \pdfoutput0 %%%
\ifnum\pdfoutput=1
\pdfhorigin1truein \pdfvorigin1truein
\fi
\fi
\setbox0=\hbox{\noindent\pdfsavepos%
\vrule depth1truein height0pt width1pt\kern-1pt
\vrule width1truein height0pt depth1pt}
\shipout\box0
\message{\the\pdflastxpos}
\bye
2ページ目の罫線は，pdf では 左上隅から 1truein ずつずれたところに，1 truein の長さで引かれます．
\message の結果は 9472573 (1 truein) です．
そのため，「現行の仕様は pdftex の dvi モードと同様なので，直さない」と言うこともできるかもしれませんし， 「pdftex の dvi モードもろとも直す」という選択肢もあるでしょう．
doratex なるほど……。調査ありがとうございます。
「pdftex の dvi モードもろとも直す」というのが理想的かと思いますが，今さら直すというのもちょっと影響が大きいかもしれませんね。
TeX & LaTeX Advent Calendar 2016 の VoD氏の記事に詳細が報告されていますように，\mag が用いられたときの \pdfsavepos の原点位置が，
の分だけずれており，TeXconf16 でのh7kさんの発表資料21ページに表明されている仕様とは異なる値になっているようです。