バージョン 0.5.6 をリリースしました。
Gaff, parm99 パラメータ: 結合長を小数点以下３桁まで有効にした。
Antechamber/parmchk ダイアログ（および Ruby で書かれたその他のダイアログ）のクラッシュを修正。
Ruby: 新しいメソッド: AtomRef#exclusion, Molecule#resize_to_fit, Molecule#bond_par/angle_par/dihedral_par/improper_par/vdw_par, $stdin.gets, $stdin.readline. 改良したメソッド: Molecule#each_atom, Molecule#duplicate, Molecule#open, Kernel#message_box, Dialog#item.
分子力学: 構造最適化計算の安定性が向上。"Solvate" コマンドで溶媒分子に "SOLV" セグメント名が付与されるようになった。
新しいメニューコマンド："Create New Atom", "Create New Parameter", "Create SANDER Input", "Import AMBER Lib", "Import AMBER Frcmod".
新しいファイルフォーマット: cif（読み込み）, AMBER mdcrd（読み込み）。
属性テーブルでのカット／コピー／ペーストの安定性が向上。
Mac: 属性テーブルがときどきフォーカスされない問題を解決。
Version 0.5.6 is out.
Gaff and parm99 parameters: the equilibrium bond lengths have now three significant digits after the decimal point.
Crash on antechamber/parmchk dialog (and other Ruby-based dialogs as well) is fixed.
Ruby: New methods: AtomRef#exclusion, Molecule#resize_to_fit, Molecule#bond_par/angle_par/dihedral_par/improper_par/vdw_par, $stdin.gets, $stdin.readline. Improved: Molecule#each_atom, Molecule#duplicate, Molecule#open, Kernel#message_box, Dialog#item.
MM/MD: minimization gets improved stability; the "solvate" command now sets the segment name 'SOLV' for the solvent atoms.
New menu commands: "Create New Atom", "Create New Parameter", "Create SANDER Input", "Import AMBER Lib", "Import AMBER Frcmod".
New file formats: cif (import), AMBER mdcrd (import).
Tables: cut/copy/paste in parameter table is improved. Mac: table did not get focus under certain conditions; fixed.
Fork