pdbListRMSDCalc
modeは合っていますが、領域が確保されていませんでした。
mode=0は、平均座標に対するＲＭＳＤ mode=1は、reference座標に対するＲＭＳＤ となります。
-r をOptionalに変更しています。 これは、 -m 0の時には必要ないからです。 -m 1の時には必要です。
-m 1のとき、-rが設定されていないと、修了するように変更しています。
176 // mode_0 Average Coord 177 if(mode==0){ 178 if(0==nline) { 179 pdbFileNew(&ref); 180 } else { 181 pdbFileAppend(&ref); 182 } 183 pdbFileOneRecordCopy(&ref,pdbRMSD); 184 } 1
Fork
ファイル名: /src/Tools/pdbUtil/pdbListRMSDCalc/src/pdbListRMSDCalc.c 関数名: lpdbRMSDCalc 【問題内容】 mode=0において読み込まれていないファイル(-r)をコピーしていると思います。 【ソースコード(一部)】(ref記述箇所) (113行目付近) pdbFile ref; int old=0,now=0; if(mode==1) { pdbFileRead(fptRef, &ref); pdbFileTop(&ref); } (165行目付近) if(mode==0){ pdbFileOneRecordCopy(&ref,pdbRMSD); } 【補足】 おそらく(113行目付近)をmode==0にするのだと思います。 -追記- 【問題内容】 修正して頂きましたが、まだmode=0のときの動作ができないようです 【考察】 mode=0のときreferenceはwhile文内にてnline=0のときのみnewするようになってますが、 その前にnline++があるので、newされずAppendするようになっている点が 原因かと思います。 【ソースコード(一部)】 ファイル名: /src/Tools/pdbUtil/pdbListRMSDCalc/src/pdbListRMSDCalc.c 関数名: lpdbRMSDCalc (143行目付近) nline=0; (150行目付近: while文内) // New if(0==nline) { pdbFileNew(pdbRMSD); } else { pdbFileAppend(pdbRMSD); } nline++; (183行目付近: while文内 - if(入力PDBファイルで原子データがあるときに入るようです)) // mode_0 Average Coord if(mode==0){ if(0==nline) { pdbFileNew(&ref); } else { pdbFileAppend(&ref); } pdbFileOneRecordCopy(&ref,pdbRMSD); } 【対策案】 referenceのnewを最初に持ってくるとよいかと思います。 (修正前) (132行目付近) // fptRef if(mode==1) { pdbFileRead(fptRef, &ref); pdbFileTop(&ref); } (183行目付近) // mode_0 Average Coord if(mode==0){ if(0==nline) { pdbFileNew(&ref); } else { pdbFileAppend(&ref); } pdbFileOneRecordCopy(&ref,pdbRMSD); } (修正後) (132行目付近) // fptRef if(mode==1) { pdbFileRead(fptRef, &ref); pdbFileTop(&ref); } else { pdbFileNew(&ref); } (183行目付近) // mode_0 Average Coord if(mode==0){ if(0==nline) { // pdbFileNew(&ref); } else { pdbFileAppend(&ref); } pdbFileOneRecordCopy(&ref,pdbRMSD); }